Incluye también en la busca de los movimientos para la liquidación los de destino Stock en caso de que se haya vendido alguno y se haya quedado en negativo.

Haciendo una transferencia interna manualmente desde el depósito del proveedor a Stock, incluirá esos productos en la siguiente liquidación.
Cambiado el tipo de la ubicación Depósito Salidas a view, para evitar movimientos erróneos.

stock_picking_deposito/data/data.xml

@@ -31,7 +31,7 @@
 
         <record id="location_deposit_sale" model="stock.location">
             <field name="name">Depósitos Salidas</field>
-            <field name="usage">internal</field>
+            <field name="usage">view</field>
             <field name="location_id" ref="stock_picking_deposito.stock_location_deposits_parent"/>
             <field name="warehouse_id" ref="wh_deposits"/>
         </record>

stock_picking_deposito/models/res_partner.py

@@ -62,8 +62,9 @@ class ResPartner(models.Model):
      def make_liquidation_buy(self, context = None):
         invoice_obj = self.env['account.invoice']            
         search_vals = [
-            ('location_id', '=', self.deposit_buy_location_id.id),
+            ('location_id', '=', self.deposit_buy_location_id.id),'|',
             ('location_dest_id', '=', self.env.ref('stock.stock_location_customers').id),
+            ('location_dest_id', '=', self.env.ref('stock.stock_location_stock').id),
         ]            
         if self.deposit_buy_last_liquidation_date:
             search_vals.append(('date', '>', self.deposit_buy_last_liquidation_date.strftime("%Y-%m-%d %H:%M:%S")))